Wysoki poziom jakości kształcenia potwierdzają liczne wyróżnienia przyznane Warszawskiemu Uniwersytetowi Medycznemu oraz członkom społeczności akademickiej w roku 2013/2014. Wydział Nauki o Zdrowiu uzyskał pozytywną ocenę instytucjonalną Polskiej Komisji Akredytacyjnej, a oba Wydziały Lekarskie pozytywnie przeszły wizytację środowiskową Komisji Akredytacyjnej Akademickich Uczelni Medycznych. Warszawski Uniwersytet Medyczny uplasował się w pierwszej dziesiątce najlepszych polskich uniwersytetów i ponownie zwyciężył w grupie kierunków lekarskich w Rankingu Szkół Wyższych – Perspektywy. Ponadto, Uczelnia otrzymała, już po raz siódmy, tytuł Uczelni chroniącej własność intelektualną, przyznany w postaci certyfikatu „Uberrima Fide”, oraz uzyskała certyfikat „Uczelnia Liderów 2014”, wraz z wyróżnieniem „Primus 2014”, przyznany w IV edycji Ogólnopolskiego Programu Certyfikacji Szkół Wyższych „Uczelnia Liderów”. WUM otrzymał certyfikat za kształcenie absolwentów twórczych, kreatywnych, innowacyjnych i przez to atrakcyjnych na rynku pracy, jak również za kształcenie w oparciu o nowoczesne programy studiów, zgodne z potrzebami otoczenia społeczno-gospodarczego. Wyróżnienie „Primus” poświadcza, że Uczelnia uzyskała najwyższą liczbę punktów rankingowych wśród certyfikowanych uczelni. Wyjątkowo cieszy również wyróżnienie w VI edycji Konkursu organizowanego przez Zarząd Krajowej Reprezentacji Doktorantów i Fundację Edukacyjną Perspektywy na Najbardziej Prodoktorancką Uczelnię PRODOK 2013 (za najbardziej znaczący awans w rankingu). WUM zajął w tym rankingu VII miejsce w Polsce (pierwsze wśród uczelni medycznych), wyprzedzając m.in. Uniwersytet Jagielloński czy Uniwersytet Warszawski.

Potwierdzeniem wysokiej jakości kształcenia są przede wszystkim osiągnięcia studentów i absolwentów Uczelni. Warto podkreślić, że w 2014 r. we wrześniowej sesji Lekarskiego Egzaminu Końcowego, wśród osób zdających egzamin po raz pierwszy, absolwenci Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego uzyskali najlepszy wynik ze wszystkich uczelni w kraju, w tym pierwsze miejsce w klasyfikacji indywidualnej.